rm -rf / também deleta o sistema. A diferença é como está sendo requisitado ao sistema. Esse comando rm -rf /* ~ está dizendo para deletar todo o conteúdo de dentro do diretório raiz barra através do wildcard *, que significa zero ou mais resultados, junto com o diretório do usuário através do ~ que expande para /home/user. No rm -rf / estamos pedindo para deletar o próprio diretório /.