Bom dia, tudo certo meu mano, cara na minha visão essa é uma parte que não tem muito segredo, acho que você deve escolher as tecnologias que vc tem conhecimento para desenvolver esse site, Js, node etc... E busca tutoriais para de dar uma "luz", eu começaria fazendo o famoso figma do site se necessario, para começar a colocar as ideia no "papel", se você já tem noção de como vai ser e as funcionalidades tudo ficaria mais facil, eu faria na seguinte seguencia, figma após decidir como vai ser desenvolvido o layout do site, iria partir para as funções basicas tanto do front quanto back por exemplo, cadastro dos clientes, dos produtos, faria esse integração primeiro, colocaria o basico inicial, e depois iria fazendo conforme o necessario, mas já tendo uma base doq fazer e por onde seguir tipo, cadastro/login prontos, iria para a tela de cadastro dos produtos, editar perfil, editar produto (fazer o famoso CRUD) etc, ai partiria para colocar os produtos na tela do usuario, apartir dai eu começaria a estudar as apis que vc vai precisar para o pagamento e frete que vc precisa. N sei se ficou claro, mas geralmente no MEU modo de fazer, faço assim normalmente.... Dai vc estuda as APIs de pagamentos, PAGSeguro ou tantas outras que tem no mercado para integrar com seu site, talvez seja uma das partes mais complicadinhas para integrar, mas nada que um tutorial ou algumas lidas ai n te ajude.