acho que é uma escolha excelente. Ciência da Computação é um curso muito completo, que vai te dar o leque para atuar em qualquer área.

Engenharia de Software você consegue aprender rapidamente também no trabalho. Quando você formar vai saber melhor, mas não necessariamente você precisa de mais educação formal depois que já estiver trabalhando. Não que não seja uma boa também. Mas eu acho que estar numa empresa que dá suporte pro seu crescimento, que você está aprendendo muito, provavelmente é uma pedida melhor. Aprender no trabalho mesmo.