O meu problema nã é com usar o where do banco de dados, mas sim a anotação WHERE do hibernate, da qual aplica uma clausula where para toda query que envolve a classe que recebeu a anotação. Não queria usar ela pois é muito difícil ou até impossível realizar uma query sem o próprio hibernate inserir a clausula, fazendo com que eu NUNCA consiga realizar uma query para buscar os registros deletados