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E como eu conseguiria buscar dados já deletados quando eu precisar fazer métricas? conheçe alguma maneira de contornar isso ?

O problema é que eu já vi em vários lugares pessoas recomendando não utilizar o @Where, então ainda fico meio que com um pé atrás

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Olha, o que tu pode fazer é criar um repository só para lidar com as métricas e nesse repository só retornar os dados deletados. Ou simplesmente criar um método para lidar com isso no seu repository já existente. Ou usar um builder para compor as estruturas de especialização da sua query.
Há várias alternativas e em todas elas, o "where" vai existir.
Eu não trabalho com Spring Boot, então não sei se há alguma annotation ou trait que resolva isso pra ti. Porém, mesmo que não veja, o "where" estará lá.

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