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Confesso que não entendi muito bem a sua necessidade, mas pelo pouco que acho que entendi, para cada usuário você quer criar um outro registro no banco de dados?

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Fala @lesnok

Na verdade o que eu faço com o usuário não é relevante, o ponto é:

Em um momento eu preciso retirar um Array Ordenado do banco de dados, e é um Array que representa usuários.

O que vou fazer com o Array é: após recebe-lo, vou selecionar um certo usuário que deve estar presente nesse Array, vou remove-lo da posição que ele estiver, e coloca-lo na último posição do Array, após isso salvar o Array no banco novamente.

Minha dúvida é algo na linha do que o juliodev disse, salvo uma lista de ids em texto ("1,2,3,4,..."), que aí assim não tem como relacionar tabelas.

Ou faço uma tabela intermediária de NxN?