@hbm, os dois são na verdade muito diferentes e podem ser utilizados em conjunto.

O Diátaxis é um framework no sentido mais amplo da palavra e não uma ferramenta. o MKdocs, sim, é uma ferramenta para a gestão de documentação.

Para referência, tirei 2 definições mais amplas de framework da Wikipedia.

Definição técnica:

Um framework ou arcabouço conceitual, é um conjunto de conceitos usado para resolver um problema de um domínio específico. Framework conceitual não se trata de um software executável, mas sim de um modelo de dados para um domínio.

Definição de administração:

Em administração, um framework é uma estrutura conceitual básica que permite o manuseio homogêneo de diferentes objetos de negócio. Serve para incrementar a disciplina de gestão e predefinir entregáveis comuns para cada objeto de negócio.