Executando verificação de segurança...
Em resposta a [Não disponível]
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Parece que o problema não ta necessariamente ligado ao dotenv. Parece que o firebase ta inicializando mais de uma vez, então ele da esse problema.

Tenta o seguinte código para verificar se o firebase já não foi iniciado:

if (!firebase.apps.length) {
    firebase.initializeApp(firebaseConfig);
}

Talvez isso resolva seu problema, só precisa adaptar ao contexto do seu código.

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