Na minha opinião, cobre pelo seu tempo. Acerte um salário mensal e estipule um tempo pra entregar. Após esse prazo, com o sistema concluído, reduza o valor mensal e justifique que vai precisar dar manutenção, fazer ajustes. Ajustes, não funcionalidades novas.
Sempre coloque o custo dos servidores na conta.
Outra dica: angular conversa bem com o ionic. Se organizar direitinho, você só vai precisar fazer o sistema 1 vez.