Essa seria a forma contabilmente correta. Se você receber tudo na sua conta você pode cair no erro de tributação dupla, onde você paga imposto ao receber o pagamento e ao repassar para a loja.
No caso do Gerencianet eles tem uma api pra abrir conta pro seu cliente. Ele é reeirecionado para uma tela e faz o cadastro lá mesmo ou usa a conta caso já tenha uma. Em ambos os casos você recebe via webhook os tokens de autorização que te dão o direito de emitir as faturas em nome das lojas.