Posso estar enganado, mas prisma não tem esse up e down, como temos em outros orms. Só tem o up. Quando você remove algo do schema, ele calcula a alteração e dá certo. Porém isso dificulta a alteração de dados como você quer fazer nesse exemplo do CPF.
Se for só inserir, como nos casos das permissões, é só criar uma migração vazia e escrever o sql. Funciona.
No caso da alteração do CPF, você pode usar o replace do sql dentro do update pra alterar as colunas, trocando "." por "". Vai funcionar também.

Eu, que também uso nestjs, sempre que escolho prisma, estimulado pelos influencers de YouTube, me arrependo.
Ele é muito simples de começar e, talvez por isso, os vídeos dêem preferência a ele. É mais rápido, pro vídeo não ficar longo, creio.

Mas enfim... use o --create-only e boa sorte.

prisma migrate dev --create-only --name <NAME_OF_YOUR_MIGRATION>