Falta de SEO adequado quando não se usa NEXT.js

Em geral, uma aplicação com CSR (Client Side Rendering) costuma ser pior em termos de SEO, se comparada a SSR (Server Side Rendering). Claro que alguns frameworks facilitam fazer de um jeito e pra fazer do outro dá mais trabalho (por exemplo, HTML puro é SSR por natureza), mas enfim, não é exatamente a escolha do framework em si que vai afetar o SEO.

Existem vários outros fatores que melhoram ou pioram o SEO, e a maioria não tem relação com a linguagem/framework escolhido.

Um site feito com React é mais ráido do que um com HTML+CSS+JS puro?

Depende muito de vários fatores, e vc só vai saber medindo o produto final em condições reais.

Além disso, ao usar qualquer framework, linguagem ou ferramenta, vc tem que medir como um todo: desde o ganho em produtividade (pra fazer e modificar), até o desempenho da aplicação, tráfego de rede (SPA's pesadas costumam trafegar muito JS, pode pesar na conta mensal do servidor), etc.

Não é uma conta simples de fazer. Às vezes o framework é um canhão pra matar mosca (o site é tão simples que não compensa o "peso extra" do framework), às vezes ele te torna tão produtivo que compensa uma possível "lentidão" (desde que não seja perceptível para o cliente).

Em outro comentário vc perguntou sobre "beneficios do produto final para uso dos clientes". Sinceramente, o cliente não tá nem aí se vc usou a linguagem A ou o framework B. Ele quer ver o resultado final: o site/produto/aplicação funcionando, que seja "rápido", "não caia", e principalmente, que resolva o problema dele. A escolha das tecnologias usadas tem mais a ver com quem vai fazer e dar manutenção (se facilita a sua vida, te torna produtivo, etc, de forma que vc consiga atender às necessidades do cliente).