Só uns detalhes sobre o código:

Em vez de verificar se o arquivo existe, simplesmente tente abri-lo e capture as exceções. Essa ideia de verificar e só depois abrir gera uma condição de corrida (*race condition*): em resumo, entre a verificação e a abertura, o estado do arquivo pode ter mudado e dar erro do mesmo jeito (mais detalhes [aqui](https://softwareengineering.stackexchange.com/a/443326)).

O `with` já [garante que o arquivo será fechado ao final](https://pt.stackoverflow.com/a/49239/112052), então não precisa chamar `close()`.

Para verificar a extensão do arquivo e demais manipulações, dê uma olhada no [módulo `pathlib`](https://docs.python.org/3/library/pathlib.html) - disponível desde o Python 3.4 e considerada uma alternativa mais moderna à `os.path` (veja [aqui](https://betterprogramming.pub/should-you-be-using-pathlib-6f3a0fddec7e) um comparativo).

Por fim, se a ideia é que o arquivo JSON seja apenas para "organização" interna e não necessariamente para ser lido por humanos, considere alternativas como os módulos [`pickle`](https://docs.python.org/3/library/pickle.html) ou [`shelve`](https://docs.python.org/3/library/shelve.html).

Muito obrigado pelas dicas. Vou atualizar o repositorio com essas sugestões.

Só uns detalhes sobre o código: Em vez de verificar se o arquivo existe, simplesmente tente abri-lo e capture as exceções. Essa ideia de verificar e só depois abrir gera uma condição de c...