Em vez de tratar como rivalidade (ou seja, tem que escolher entre um e outro), eu prefiro ver como abordagens diferentes, e dependendo do caso, até mesmo completamentares.

É claro que cada um acaba tendo sua preferência, mas não passa disso: uma mera preferência, não a verdade absoluta. Eu por exemplo prefiro a linha de comando, inclusive tenho vários atalhos configurados, que juntamente com o auto complete do shell, me dão bastante agilidade.

Claro, o fato de ter um bom modelo mental do repositório me ajuda bastante a compreender melhor o que cada comando faz, diminuindo a chance de fazer besteira.

Por isso uso pouco as ferramentas gráficas para o Git. Mas não condeno quem usa com frequência, pois se a pessoa sabe o que está fazendo (ou seja, entende o que cada comando faz com o repositório em vez de só decorar receita de bolo e torcer pra funcionar), e é mais produtiva assim, não vejo problema nenhum.