Assim como qualquer outra tecnologia, Flexbox possui vantagens e desvantagens, assim como há casos em que ela é a melhor solução e casos em que ela não se aplica (e também casos em que tanto faz).

Por exemplo, se for só pra centralizar uma div, há outras maneiras mais simples. Qual usar depende de cada situação.

A ideia básica do Flexbox é organizar vários itens em linhas e colunas, sendo que o espaçamento e as dimensões vão se ajustando dinamicamente de acordo com a situação (tamanho da janela e dos próprios elementos, etc). Se seu layout não tem nenhuma dessas características (por exemplo, se as posições dos elementos devem ser fixas e a flexibilidade e demais ajustes automáticos não são desejados), pode ser que ele não seja a solução mais adequada.

Em computação, não existe a solução mágica que serve para todos os casos. Sempre depende.