Na verdade é o "FX" que corresponde a "efeitos".

Isso porque, em inglês, a pronúncia das letras é parecida com a palavra. Ou seja, "F" (éf) + "X" (éks), se falado rápido, fica algo como "eféks", cuja pronúncia é muito próxima de "effects" (sim, tem o "t" a mais, por isso não é 100% igual, mas enfim, a ideia da "sigla" é essa).

Aliás, para efeitos visuais, usa-se a sigla VFX (Visual Effects), seguindo a mesma lógica.