Como já disseram, o problema é que o JS está tentando buscar os elementos HTML antes deles serem carregados e parseados.

Uma alternativa é carregar isso só depois do HTML, usando DOMContentLoaded:

// declara as variáveis
let num, lista, res, valores = [];
// depois que o HTML é carregado, atribui as variáveis aos seus respectivos elementos
document.addEventListener('DOMContentLoaded', function () {
    num = document.querySelector('input#fnum');
    lista = document.querySelector('select#flista');
    res = document.querySelector('div#res');
});

// definição das funções continua aqui
function isnumero(n) {
    etc...

Segundo a documentação, o evento DOMContentLoaded dispara somente depois que o HTML foi completamente parseado, ou seja, ali já é garantido que os elementos existirão. Repare que valores eu posso inicializar antes, já que seu valor não depende do conteúdo da página.

E em vez de converter para número, pode usar valueAsNumber, que já retorna o valor como um número. Além disso, toda vez que vc tem algo assim:

if (condicao) {
    return true;
} else {
    return false;
}

Pode trocar por:

return condicao;

Ou seja, suas funções poderiam ser:

function isnumero(n) {
    return n >= 1 && n <= 100;
}

function inlista(n, l) {
    return l.indexOf(n) != -1;
}

function adicionar() {
    if (isnumero(num.valueAsNumber) && !inlista(num.valueAsNumber, valores)) {
        alert(`tudo ok`);
    } else {
        alert(`erro`);
    }
}

E a segunda função também poderia ser:

function inlista(n, l) {
    return l.includes(n);
}

Se bem que nesse caso, não sei nem se precisaria dessa função, poderia ser apenas:

function adicionar() {
    if (isnumero(num.valueAsNumber) && !valores.includes(num.valueAsNumber)) {
        alert(`tudo ok`);
    } else {
        alert(`erro`);
    }
}