Pode responder fora da réplica num último caso.

Mas aí a resposta ficaria "perdida", porque não saberíamos qual réplica está sendo respondida.

Isso é um problema de layout, não acho que faz sentido sacrificar uma das principais funcionalidades (a discussão) para resolvê-lo.

Na já citada issue do GitHub estão discutindo soluções. Eu particularmente gostaria de algo parecido com o que o reddit faz: depois de um determinado nível de réplicas, mostra um link "+N replies", e o link vai pra outra página, somente com as respostas daquela réplica.