o porque de tantas IDEs criadas?
IDE's são ferramentas, nada mais.
Fazendo uma analogia: martelo e chave de fenda são ferramentas. Por que ambas existem, se também dá pra parafusar com um martelo? Não fica perfeito, mas o parafuso encaixa "do mesmo jeito", não?
Se vc só faz uma manutenção casual aqui ou ali, talvez não justifique ter uma caixa com trocentas ferramentas especializadas. Se vc trabalha com isso, aí justifica. Mas se vc só trabalha com um tipo específico de manutenção, talvez não justifique ter todas as ferramentas (só as que vc efetivamente usa).
Tem ferramenta que só serve para uma tarefa específica, mas faz ela muito melhor que qualquer outra. Assim como tem o canivete suíço, que tem de tudo um pouco e serve como quebra galho, mas não é especializado em nenhuma. Cada uma tem seus usos, dependendo da situação pode ou não fazer diferença.
Com IDE's é a mesma coisa. Alguns são genéricos (tipo o VS Code, que vc pode instalar plugins para qualquer linguagem), outros são mais especializados. Por exemplo, hoje trabalho em um projeto Java, então acabo usando o Netbeans. Até daria para usar VS Code com plugins do Java, mas o Netbeans já vem com tudo pronto e configurado para a linguagem. Mas já usei VS Code em outro projeto (Angular + TypeScript), sem problema nenhum.
O que me leva a outro ponto: não seja fanboy de nenhuma tecnologia (seja linguagem, IDE, sistema operacional, browser, framework, o que for). Tudo isso são ferramentas, vc usa o que faz mais sentido para o seu contexto, o que melhor resolve o problema, o que é mais adequado para a tarefa a ser feita.
Claro que também cai no problema de que na nossa área é comum o pessoal querer reiventar a roda:
Mas em geral, existem muitos IDE's porque cada um foca em necessidades diferentes. Pode ser de uso geral ou específico, focado em determinada tecnologia, com mais recursos que dão mais produtividade, ou com foco na simplicidade, ou na customização, etc.
Perdi meu tempo programando em Bloco de notas?
Eu diria que não. Acho importante todo mundo tentar isso pelo menos uma vez, pois fazer tudo na mão ajuda a entender melhor como as coisas funcionam.
Mas obviamente, para ter produtividade no dia-a-dia, recomendo usar uma IDE.
A Melhor IDE é a mais utilizada pelos programadores?
Uma coisa que vai te ajudar muito na carreira é parar com essa história de "melhor". Para praticamente tudo em computação, a resposta é "depende". Depende do contexto, dos requisitos, de cada situação concreta específica. Tudo tem prós e contras, então o ideal é sempre analisar o contexto e decidir o que é mais adequado com base nas circunstâncias.
Claro que essa capacidade só é adquirida com experiência, mas enfim, se vc sempre começar com esse pensamento de "melhor", "boa prática", etc, estará no caminho equivocado e a chance de fazer uma escolha ruim é enorme.
Ser mais utilizado nem sempre é sinônimo de qualidade. Pode até ser, mas às vezes é só por modismo mesmo (por exemplo, teve uma época em que todo mundo só usava SOAP, cujo uso felizmente caiu bastante). Sempre tem que analisar outros fatores em conjunto (utilização é só um desses muitos fatores, e nem sempre tem um peso tão grande assim).