De forma geral, e sem saber dos requisitos do sistema, eu costumo dizer que depende.

Mas neste caso específico, não consigo imaginar uma situação em que faça sentido ter um JSON com milhões de caracteres no banco.

Outro ponto confuso é que primeiro vc diz que são caracteres, mas depois menciona "binários". O que exatamente tem nesse JSON? Precisa estar tudo junto mesmo? Não tem como separar as informações em várias tabelas e só juntar na hora que precisa do JSON final?

Enfim, sem mais informações fica difícil opinar algo. Mas à primeira vista parece tudo muito estranho, e provavelmente não foi feito da melhor forma.