Eu não toquei nesse ponto porque achei que ia desviar do assunto principal (entender o formato), e também porque o texto está quase no limite de caracteres que o site permite, mas enfim, concordo com vc :-)

De fato existe um abuso de JSON. Usa-se pra tudo, mas nem sempre ele é a melhor opção (e não duvido que tenha gente que ache que é a única).

Aliás, incrível como isso é recorrente na nossa área. Qualquer coisa que se populariza começa a ser usada pra tudo, até pra casos em que não serve e para os quais existem soluções melhores. Infelizmente também ocorreu isso com JSON.

Nem tudo precisa ser "human readable" (uma das supostas vantagens do JSON, que pra mim é um grande "depende"). Muitas vezes um formato binário, como o protobuf que vc citou, é mais adequado. O ideal seria que todos conhecessem diferentes formatos, seus prós e contras, em quais casos um faz mais sentido que outro e escolher o mais adequado de acordo com o contexto (como aliás, deveria ser pra tudo em computação).