Sem mais detalhes, o máximo que dá pra fazer é especular.

Bom, meu palpite: pode ter acontecido algo relacionado ao fato do spread criar uma shallow copy (cópia "rasa"). Ou seja, apesar de criar outro objeto, as propriedades dele continuam apontando para os objetos originais. Um exemplo:

const obj = {
    'dados': { 'nome': 'fulano', 'idade': 42},
    'endereco': { 'logradouro': 'avenida', 'nome_logradouro': 'sbruble', 'numero': 123, 'bairro': 'Vila Abc' }
};

// faço a cópia
const copia = { ...obj };
console.log(copia); // mostra os dados iguais ao objeto original

// mudo um dos objetos internos do original
obj.dados.idade = 50;

// a alteração se reflete na cópia
console.log(copia); // a idade foi alterada para 50

Se fizermos a cópia do outro jeito, isso não acontece mais, pois os objetos internos não serão mais os mesmos:

const obj = {
    'dados': { 'nome': 'fulano', 'idade': 42},
    'endereco': { 'logradouro': 'avenida', 'nome_logradouro': 'sbruble', 'numero': 123, 'bairro': 'Vila Abc' }
};

// faço a cópia
const copia = JSON.parse(JSON.stringify(obj));
console.log(copia); // mostra os dados iguais ao objeto original

// mudo um dos objetos internos do original
obj.dados.idade = 50;

// agora a alteração não se reflete na cópia
console.log(copia); // a idade continua 42

Agora, se o seu problema se resolveu por causa disso, só tendo mais detalhes pra saber.

Como curiosidade, você também pode usar structuredClone(obj) em vez de JSON.parse e JSON.stringify. As diferenças estão listadas aqui.