Cara, como boa parte das perguntas sobre software a resposta é depende.

A sua aplicação vai ser executada em um servidor seu ou do cliente ?
Você vai ter alguma regra de backup ou política sobre os dados do cliente ?
O custo da armazenagem dos dados é seu ou do cliente ?
É uma exigência do cliente ter os dados separados ?
Na lógica da sua aplicação ó dado gerado pelo uso do sistema é seu ou do cliente ou seu e do cliente ?

Se você está criando um SaaS que vai rodar no seu servidor não vejo problema em colocar todo mundo no mesmo banco com uma política no código para cada um ver aquilo que lhe pertence.

Eu trabalho em um ERP então tem de tudo um pouco, tem cliente que usa a solução em nuvem e tudo fica armazenado num banco Oracle, onde cada cliente tem sua própria base, tem cliente que prefere usar em um servidor local e por ai vai.

Mesmo sendo um projeto acadêmico o armazenamento faz parte da regra de negócio.