Olá, amigo !

Na empresa que trabalho o produto é um ERP e usamos o ORM nhibernate, mas para querys complexas e cargas de dados usamos query, por ser mais legível e mais rápido.

Com ORM você perde um pouco a noção e controle do que está acontecendo na comunicação banco x aplicação.

Eu acho que é por aí mesmo, depende do tamanho do sistema que você está arquitetando, volume de dados etc.

Claro se você vai rodar consultas grandes o tempo todo nos mesmos dados aconselho a materializar esses dados em um banco mongo.

Vale ressaltar que não há regra que diz que seu sistema tem que usar apenas um banco de dados.

Também há versões de ORM otimizado para performance.