Aparentemente o método create está mesclando os objetos quando a sessão é sobrescrita em múltiplos requests. Como você está carregando um arquivo, isso toma tempo e pelo método da controller ser async ele é executado em ordem diferente no Event Loop (pois retorna uma Promise).
O primeiro passo que recomendo tu fazer é tentar escrever um teste unitário que permita simular esse cenário. Só aí tu vai ter uma melhor "fotografia" do problema.
Se você conseguir relacionar o que comentei com os resultados do teste, talvez tu consiga resolver usando alguma abordagem que te permita isolar as transações, como executá-las em um Job, por exemplo.
Ps: O código acima não me parece ser o problema, mas pela sua explicação, me parece que sua descrição de regra de negócio indica manipulação de estado do formulário nas camadas superiores, e imagino que isso possa ser um sintoma do problema. Mas precisaria ter acesso ao código pra entender o problema melhor.