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O NodeJs armazena as instâncias e algumas informações em MongoDB e o sistema web armazena em MySQL normal.

Sobre o banimento, realmente existe a chance mas são baixas se souber como controlar, evitar o envio de mensagens iguais para todos os contatos por exemplo sem uma lista de transmissão é problemático, basicamente evitar spams e não receber denúncias. O mais recomendado é utilizar automações exclusivamente com contatos que possuem seu número adicionado, assim evita ou reduz drasticamente as chances de banimento.

Uma explicação boa pode ser encontrada aqui

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Então você utiliza 2 bancos simultaneos, isso?
E voce salva cada conversa no mongoDB?

Agradeço a explicação sobre banimentos!

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As conversas são armazenadas apenas no serviço Web (MySql), o Mongo serve exclusivamente para armazenar dados das instâncias, como id personalizado, Id do criador, Url de webhook e outros