Esse problema ocorre devido ao método utilizado para confirmar que a autenticação foi realizada, quando o WhatsApp atualiza alguma classe ou elemento do Html essa verificação pode quebrar, mas a comunidade arruma em minutos e já disponibiliza uma Pull Request para corrigir no geral. Por isso é importante participar do Discord deles, atualmente por exemplo a Release mais recente não recebe a autenticação devido a esses problemas, então precisa utilizar o último commit para que funcione corretamente:

npm i github:pedroslopez/whatsapp-web.js#152f0a64cdffdfb4d638043f537f87b2a6ebc492