Não me recordo se isso chegou a ser um problema, uma vez que as instâncias ficam ligadas 24/7, mas o sistema quando receba múltiplas mensagens (através da sincronização do WhatsApp) ele armazena utilizando a data de recebimento no aparelho como data da mensagem no banco de dados, assim uma mensagem recebida às 10:00 caso seja enviada ao servidor apenas às 14:00 ainda será salva como 10:00, então os fluxos levam essa data em consideração para realizar as ações.

Limitei o WhatsAppWebJs (em NodeJs) para fazer exclusivamente o trabalho com o WhatsApp, ele não leva nenhuma configuração de regra de negócio ou algo assim, as regras de negócio ficam exclusivamentes no sistema web, assim consigo por exemplo, utilizar o WhatsAppWebJs que criei para outros projetos distintos.