Se quer aprender a programar passa logo pro JS, vai usar HTML e CSS muito ainda, se já aprendeu o suficiente para criar algumas páginas e formulários, já dá pra ir incorporando novo aprendizado, por quê como dita anteriormente, é tudo muito ligado.
Assim, quando estiver usando JS, em algum momento vai querer fazer algo a mais em uma tela onde o seu conhecimento de HTML e CSS não são suficientes, daí você estuda o que for necessário para resolver este problema, pronto, aprendeu mais um pouco de HTML e CSS e continua avançando em JS, por quê vai chegar o momento de aprender bancos de dados, segurança, entender de vez HTTP e o transporte de dados nela, e por aí vai.
Na universidade por exemplo, várias matérias são estudadas em paralelo, se você parar pra estudar um único tópico até esgotá-lo, vai levar muito tempo para começar a fazer algo concreto. Então comece estudando os vários tópicos que se integram, para fazer algo concreto, mesmo que simples e de "baixa qualidade", a complexidade e alta qualidade vêm com o tempo, além dos estudos, experiência, e para ter experiência precisa praticar tudo ao mesmo tempo.
Essa é a maneira que aprendo desde quando comecei, em 1987 ;-)