Acho que limitar o número de filiais para empresas pequenas que não terão tantas filiais poderia ser algo mais interessante.

Pega pequenas empresas e MEIs e limita a apenas 999 filiais sobrando assim um número. Caso a empresa cresça a esse ponto de ter várias filiais ela mudaria o CNPJ.

Claro tem algumas problemas nisso, até porque muitos sistemas já entendem aquilo como filial.

Também dá pra limitar as filiais no geral, caso uma empresa fique grande ao ponto de ter mais de 999 filiais, essas filiais teriam um CNPJ extra, ou se incentivaria as empresas a terem menos filiais unificando elas.