O Jakarta EE é uma especificação não uma tecnologia.
O Spring é um framework, ele não se propõe a ser padrão de especificação.
Inclusive VMware, dona do Spring contribue como membro do Jakarta EE.
Agora os servidores de aplicação acredito que depende do contexto, da sua aplicação, mas com certeza é uma tendência/realidade, o seu desuso.
https://pt.stackoverflow.com/questions/200211/servidor-de-aplica%C3%A7%C3%A3o-embarcado-embedded-ou-externo-tradicional