Acho que uma das melhores coisas a se fazer é Sempre deixar o software atualizado, pois sempre tem atualizações que melhoram a segurança. Também digo o mesmo sobre o Sistema Operacional.

Faça também testes de segurança constantemente.

Certifique-se de validar e sanitizar adequadamente todas as entradas de dados do usuário para evitar injeção de código malicioso. Isso pode incluir a verificação de comprimento, tipo e formato de entrada.

e é isso...