Boa noite!
Ambas são ferramentas muito poderosas, mas o foco do Migrator é ser mais simples e está caminhando para ser o mais automatizado possível. O fato do Flyway e Liquidbase serem feitos em Java, faz com que os containers e ambientes de execução sejam mais complexos e pesados. Enquanto o migrator é apenas um binário, o que deixa ele mais portátil e simples de manipular e executar.
O caminho que o Migrator segue também é diferente, ele tem uma inspiração no modelo do Rails, futuramente será muito mais parecido. O que traz muito mais automação.