Diferente do PIX, até onde tenho conhecimento, a movimentação de ativos digitais custam uma taxa proporcional por transação. O PIX ainda não as cobra, sendo possível duas pessoas físicas transferirem a menor quantidade possível sem qualquer custo, geralmente para explorar a funcionalidade de sinalização ou envio de mensagens de até 140 caracteres (ótimo para OTP).

O.K., existe o problema da privacidade (seria possível utilizá-lo para cruzamento de informações entre diferentes bancos de dados do governo?) e o custo operacional que envolve diferentes aspectos desse modelo de transferência de valor no país.

O presidente do Banco Central (BC), Roberto Campos Neto, revelou nesta quinta-feira que o custo inicial de implementação do Pix foi de BRL 15 milhões. No entanto, à medida que o uso da ferramenta foi crescendo, os custos de operação aumentaram. Atualmente, o BC gasta entre BRL 40 milhões e BRL 50 milhões ao ano para manter o sistema em funcionamento.
_Fonte

Tudo é então custeado por meio dos impostos arrecadados (não existe almoço grátis). Inclusive o dinheiro em espécie, com custos relativamente altos para sua impressão, fiscalização (contra notas e moedas falsas), porém com baixa manutenção.