Se estiver em dúvida qual livro consultar, recomendo o Java: como programar de Paul e Harvey Deitel. Além da excelente diagramação do livro, esta referência já se encontra traduzida para o português.

Na época quando estudei o assunto, as IDEs eram Eclipse e Netbeans, disputando lugar entre os devs. Aprendi também vários conceitos com uma apostila da Universidade São Francisco, do Prof. Peter Jandl Junior. Pode ser encontrada aqui. Infelizmente não consigo baixar por não ter créditos suficientes :/

Hoje existe uma infinidade de tutoriais gratuitos (w3schools, tutorialspoint etc.), apostilas e livros espalhados na internet/lojas etc. Tente não se afogar com tanta informação, dedicando-se a estudar os conceitos e, se puder, resolvendo problemas práticos do dia-a-dia. Se não tiver uma IDE, basta usar a linha de comando para escrever seus códigos e experimentos : )

public class Main {
  public static void main(String[] args) {
    System.out.println("Hello World");
  }
}

compilar com o javac e executar com o java (observe que não tem extensão) ...

$ javac Main.java 
$ java Main 
Hello World