Pelo que entendi do seu ponto e já notei de colegas meus com essas dificuldades.
1- Costuma ser uma dificuldade de abstrair o problema e partir eles em menores.
Tenta sempre exercitar sem codigo nenhum, exemplo:
Quero fazer um site pessoal de portifolio que tenha modo noturno etc.
preciso: de foto minha, exibir meus projetos, um evento para adicionar modo noturno, preciso colocar meus contatos (pode ter mais coisa mas to só encurtando pra tentar explicar)
Bom, se tenho foto imagino que terei no meu codigo 'img', preciso listar meus projetos entao acho que teria um 'ul e os li', um evento? Javascript sendo uma função que sera chamada após o usuário fazer algo, talvez um button, onclick?
2- Colocar a carroça na frente dos bois.
Tenta sempre resolver seu maior problema primeiro, com a experiência algumas coisas começarão a ser mais automáticas. Seu maior problema é fazer o codigo funcionar, resolveu, agora senta e tenta melhorar o código. Se você tá começando, sabe que nao é bacana umas dezenas de if's dentro de um loop e voce para sua resolucao pra resolver isso, pode ser que nem precisava desse loop muito menos do if mas voce demorou a perceber isso porque queria deixar o codigo mais bonito. Entao faz funcionar, resultados todos esperados, agora voce embeleza.
Espero que dê pra entender e te ajude isso.