Também utilizo o MobaXterm. Nele você consegue ter o navegador de arquivos SSH rodando em paralelo, pode usar macros, usar Xterminal, e uma série de outros fetures. Inclusive permite conectar a servidores windows.

Uma dica: a versão free possui algumas limitações como um número finito de favoritos e macros. Mas você consegue contornar isso editando o arquivo .ini na pasta onde está instalado.