Há cerca de 10 anos me deparei exatamente com a mesma situação que você e parti para a mesma solução: ionCube.

Hoje resolvo esse problema da forma mais simples: eu vendo apenas o serviço e mantenho toda a infraestrutura. Se o cliente quiser manter, ele que pague o equivalente a dois ou três anos vezes o valor mensal que eu cobraria. Fim.

Tenho clientes que pagam pelo serviço e me garantem renda recorrente. Tenho clientes que eventualmente compraram o software depois. Todas as partes felizes. Quer o código? Que pague.

É claro que no começo eu tive que me submeter a entregar código praticamente de graça. Cheguei até a ser roubado. Mas faz parte do crescimento. Hoje o meu código é fechado, a menos que o cliente pague por ele.

Não vou mentir que hoje é o ponto que eu tenho mais receio de acontecer, roubo de propriedade intelectual. 
Eu estou trabalhando há meses em um sistema Saas e tenho receio de sofre com um clone do meu projeto.

É um ponto a ser considerado com cuidado, mesmo. Ideias podem ser "roubadas" tranquilamente, pois o que importa é uma boa execução. E o código é parte da execução.

Há cerca de 10 anos me deparei exatamente com a mesma situação que você e parti para a mesma solução: ionCube. Hoje resolvo esse problema da forma mais simples: eu vendo apenas o serviço...