complementando a resposta do srluccass:

Ainda na pasta do apache, verifique na pasta sites-available, geralmente o certbot cria o arquivo com o certificado lá, procure pelo arquivo com o nome do seu site (esse nome pode variar, você configura ele quando roda o certbot), por exemplo `www.meusite.com.br.conf`

Nesse arquivo, verifique se existem as configurações de diretório, altere o diretório para o local do seu projeto, como `/var/www/www.meusite.com.br`

```
<Directory /var/www/html>
    # propriedades aqui
</Directory>
```

ou

```
<VirtualHost *:80>
    # propriedades aqui
    DocumentRoot /var/www/html/www.meusite.com.br
</VirtualHost>
```


Lembrando que cada ambiente é configurado de uma forma, não posso garantir 100% que o seu tenha esses arquivos e/ou essas configurações.

complementando a resposta do srluccass: Ainda na pasta do apache, verifique na pasta sites-available, geralmente o certbot cria o arquivo com o certificado lá, procure pelo arquivo com o...