Peço desculpas por isso, eu acho que não me expressei muito bem. Então isso não é necessariamente um problema dos containers, para esses pontos listados como "problemas" eu me referia que existem outras ferramentas como o Kubernetes que exercem essas funções com mais precisão e eficiência.
No caso de segurança, eu concondo com você que o isolamento de processo providenciado pelos containers traz uma segurança à aplicação, porém, por exemplo, quando se trata de dados sensíveis o Kubernetes fornece o objeto Secret
que armazena e gerencia de forma segura e eficiente esses tipos de dados.
Bem eu ainda sou novo nesse mundo de devops, então caso eu tenha cometido algum erro fico aberto para feedbacks.