A lista está sendo renderizada em uma div usando index como key?

Se sim, talvez quando o mesmo for removido a re-renderização do react se perde na key.

O correto é utilizar alguma propriedade que não se altera, como id.

O seu código parece correto. Pode tentar criar uma referência nova em memória antes de fazer o filtro.

function remove({name}: IProperty) {
    const tempProperties = [...properties];
    tempProperties.filter(p => p.name !== name);
    setProperties(tempProperties);
}