Se for o problema que citou, vai nas configurações de som do Gnome e veja qual dispositivo está conectado como entrada de audio. Caso esse seja mesmo o problema, as caixas estarão conectadas também como dispositivo de entrada, daí basta apenas trocar para o dispositivo padrão ou mudar a entrada e pronto.
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Tentei e não deu certo... acabei formatando para testar, e continua o problema, instalei outras distros... sempre o mesmo problema. No windows funciona 100%. Vai entender!
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Encontrei um problema parecido parecido e uma solução aqui. Pelo que vi pode ser um problema no Pulseaudio. De uma olhada na solução, pode ser que funcione.