Nesse caso seria melhor utilizar na forma de query string, por quê?

Basicamente, se definir nessa ordem que especificou, o parâmetro sempre será o id, mesmo que passe o e-mail como padrão (isso eu digo no Express, outros framework não sei como funcionam, mas devem seguir o mesmo padrao).

Com uma query string você não passará apenas o valor, mas também a chave que aquele valor se refere, dessa forma, ao invés de declarar, por exemplo
/usuarios/:id
seria simplesmente /usuarios e, para especificar qual informação, colocaria diretamente na URL como query string, da seguinte forma:

http://exemple.com/usuarios/?id=1

Assim é possível desestruturar diretamente na variável correta. Ao meu ver essa é a melhor forma de lidar com isso em requisições get.