O problema do node é a forma com que ele gerência as dependências. Em projetos muito grandes a pasta node_modules cresce infinitamente, pois ele baixa cada dependência para cada pacote denovo e denovo, semelhante ao que o Windows faz com as tais dlls. Isso acaba se tornando um problema, pois a pasta se torna desnecessariamente gigante, por is o próprio criador do node já disse em entrevista que esse foi o seu maior erro e também um dos motivos que o levaram a criar o deno.

Contudo, o node já está no mercado há muito tempo, o que faz com que ele tenha uma performance maior em qualquer situação em relação ao deno. Eu prefiro ver o deno como uma alternativa, já que o pnpm já resolve o problema de dependências do node de forma muito eficaz. O runtime que realmente tem o objetivo de ser mais rápido que o node é o bun, mas esse eu não vi muito sobre para saber como está o projeto.