Como o Felipe Chirmann comentou o ideal seria nesse primeiro momento conversar com o cliente para entender o que ele quer.

Eu sou dev backend então normalmente eu uso o https://swagger.io/ para gerar a documentação da API. Você pode usar a documentação do Brasil API como referência https://brasilapi.com.br/docs

Se você também fez o front também você pode usar o Google Docs e criar um documento compartilhado com o cliente. Nesse documento você pode listar os casos de usos, explicar as principais validações, quais dados são alimentados ou impactados por essa rotina.
Citando um exempo para ilustar melhor, vamos dizer que você tem um módulo financeiro e tem uma rotina de cadastro de contas a pagar. Na seção Módulo FInanceiro do documento você coloca, rotina de contas a pagar e descreve como ela funciona, coloca um foto da tela, lista as validações, ex, não pode cadastrar conta com data inferior a data atual. Você também pode comentar as rotas da API que são consumidas por essa rotina e por aí vai. Essa documentação pode ser bem extensa, por isso é importante alinhar com o cliente e verificar o que foi acordado no momento da contração, afinal são horas e horas de trabalho.

E por fim tem a documentação do código em si, existem N ferramentas no mercado para cada linguagem, mas de uma forma bem geral, você usa um padrão de comentário e o programa gera a documentação com base nele. Eu não uso nenhuma ferramenta desse tipo, mas olhando por cima aqui no Google eu achei esse artigo https://userguiding.com/pt-br/blog/ferramentas-documentacao-software/