NÃO use o Yarn ou Npm...

Usa o que então? Sugiro mudar o título para algo que descreva melhor o tópico como "XSQW: Como economizar muito espaço em projetos node.js".

Criei um pacote que resolve isso: ele armazena o node_modules fora do projeto

Tive que ir ao projeto para entender como realmente funciona: "Com o xsqw, você pode instalar pacotes em um único diretório e reutilizá-los em diferentes projetos".

A impressão na frase aqui é que você armazenava o node_modules de cada projeto fora do projeto, o que daria no mesmo em relação espaço em disco... Mas reutilizar a mesma pasta node_modules para vários projetos aí sim pode ser interessante para quem não tem espaço em disco.

Minhas pastas node_modules não passam de 500MB, geralmente tenho 10 projetos locais, o que dão ~5GB. Pra mim é suave da forma padrão... Mas sua iniciativa é incrível, fazer algo que atenda a necessidade de qualquer público é sempre sensacional!