Super interessante essa sugestão e por hora eu imagino que a única forma de fazer isso é escrever um plugin para o ByteMD.

De qualquer forma, não sei se sou louco, mas eu gosto do comportamento atual por que isso me dá controle total do comportamento ao clicar no link. Quando eu quero realmente sair da página que estou, eu clico no link. Mas se quero abrir em outra aba ou outra janela, eu uso teclas modificadoras (como CTRL, command ou clicar com o botão do meio).

Sem isso, o único comportamento é uma nova janela.

Eu acredito que os sites no passado abusaram desse comportamento pelo medo das pessoas saírem do site, então meio que forçaram esse padrão sabe?