Show de bola! Quem usa isso é o https://www.photopea.com/ onde ele trabalha com arquivos de imagem (incluindo o PSD do Photoshop) e consegue salvar de forma "transparente" no file system do usuário. Coloco "transparente" entre aspas, pois você precisa salvar uma vez para ele criar uma espécie de ponteiro, e depois disso, fica realmente transparente.
Mas se você usar abstrações como o Electron, acho que nem disso precisa. Só tem esse desafio se a aplicação estiver rodando no navegador.