Benites, excelente explicação!

Eu diria que utilizando o MDX é inseguro você deixar isso exposto para input de usuário. Na verdade nunca usei (e posso estar enganado) mas acredito que ele dê total flexibilidade para fazer qualquer coisa com o conteúdo.

Já com esse Markdoc entendo como você entendeu, com o adicional que você pode criar componentes controlados por quem desenvolveu ele e isso fica disponível a ser utilizado dentro do documento.