Ytu, ótima pergunta! Sou suspeito recomendar qualquer coisa, pois já trabalhei no Pagar.me, mas sendo o mais imparcial possível, minha sugestão é que você abstraia o máximo que puder o meio de pagamento dentro dessa sua plataforma para que seja possível trocar de provedor o mais rápido possível quando precisar.

Digo isso, pois seu ecommerce pode parar por completo se você tiver algum problema com o fornecimento do serviço, seja por problema técnico ou por problema comercial (por exemplo, barrarem sua conta de transacionar).